Para configurar el formato de codificación de Mysql, en este caso vamos a modificar el fichero mysql.cnf que se encuentra en /etc/mysql/mysql.cnf para cambiar el formato de codificación más conveniente para uso general, que trata mejor la representación, comparación y ordenación en diferentes idiomas a cambio de rendimiento: utf8_unicode_ci.

Para ello añadiremos el siguiente código debajo de [mysqld] o lo crearemos bajo esta misma etiqueta:

[mysqld]

collation-server = utf8_unicode_ci
init-connect='SET NAMES utf8'
character-set-server = utf8

Y reiniciaremos el mysql:

sudo service mysql restart

Si tuviéramos que cambiar alguna tabla individualmente:

ALTER TABLE nombretabla CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_unicode_ci;